Historia opowiada o grupie najemników znanych pod nazwą Lagoon Company , którzy szmuglują towary w oraz wokoło mórz południowo-wschodniej Azji. Ich baza operacyjna jest usytuowana w fikcyjnym mieście Roanapur w Tajlandii i transportują te towary na łodzi PT Black Lagoon. Lagoon Company ubija interesy z różnymi klientami, ale ma szczególnie przyjazne stosunki z rosyjską mafią Hotel Moscow. Grupa bierze udział w różnych misjach, do których zaliczają sie brutalne starcia ogniowe, bójki na pięści i bitwy morskie, w różnych miejscach Azji południowo-wschodniej. Kiedy nie są zajęci, członkowie Black Lagoon spędzają większość wolnego czasu w The Yellow Flag (Żółtej Fladze), barze w Roanapur.